За последнее десятилетие область применения технологии высокопроизводительного секвенирования (next-generation sequencing, NGS) значительно расширилась, этому
способствовало совершенствование и удешевление самой
процедуры секвенирования, а также развитие вычислительных методов обработки данных. Сейчас NGS активно
используется для диагностики и мониторинга различных
заболеваний, судебной экспертизы, оценки качества и
безопасности продуктов питания и др. [3, 4, 6]. Полногеномное секвенирование (whole genome sequencing, WGS)
является одним из основных подходов при изучении отдельных штаммов микроорганизмов, оно значительно превосходит традиционные микробиологические методы по
скорости, точности, а главное — по полноте. Среди его
главных преимуществ — универсальность получаемых
данных, как для проведения множественных тестов in
108
silico (типирование, поиск факторов вирулентности, островков патогенности, генов антибиотикорезистентности),
так и для сравнения с ранее исследованными штаммами.
Однако все это имеет смысл лишь в случае качественных
исходных данных. Известно, что сам процесс секвенирования несовершенен [5], кроме того, возможны также ошибки на этапе выделения генетического материала или подготовки библиотеки, поэтому оценка качества первичных
данных является ключевым и обязательным этапом любого
NGS-эксперимента. В данной работе рассмотрим основные
метрики для оценки качества, а также инструменты для
процессинга данных секвенирования.
Стандартом для хранения первичных данных секвенирования (прочтений) является текстовый формат FASTQ,
содержащий также информацию о качестве идентификации того или иного нуклеотида по шкале Phred. Учитывая
большой объем данных, наиболее удобным инструментом
для оценки качества является программа FASTQC (в дополнение можно использовать программу MultiQC для
анализа сразу всех образцов из запуска). Она генерирует
отчет по ряду метрик (количество прочтений, длина прочтений, нуклеотидный состав, качество каждой позиции, %
неидентифицированных нуклеотидов, % адаптеров и др.),
ориентированных на выявления наиболее частых проблем.
Анализировать метрики необходимо в совокупности, так
как в зависимости от ситуации мы будем наблюдать более
или менее выраженные нарушения (табл. 1).
Также при интерпретации результатов необходимо учитывать особенности протокола пробоподготовки и самой
технологии секвенирования. Так, например, для секвенаторов Illumina характерно снижение качества на длинных
прочтениях (250–300 п.н.) или, в отличие от полногеном-
109
ного секвенирования, нуклеотидный состав вдоль прочтений при анализе ампликонов 16S рРНК не будет сохраняться.
Результаты многочисленных исследований, проведенных на базе отдела микологии ФГБУ «ВГНКИ» в рамках
соглашения № 22-26-00206 ФГБУ «ВГНКИ» с РНФ, показали возрастающую распространенность, широкое видовое
разнообразие возбудителей грибковых инфекций животных, а также изменение чувствительности возбудителей
социально-значимых грибковых инфекций к антимикотикам.
В настоящее время существует необходимость разработки частной фармакопейной статьи для включения в
Фармакопею Евразийского экономического союза. Для
этого требуется провести стандартизацию методов контроля качества вакцин против болезни Ауески. Данное исследование направлено на оценку возможности перехода с
целевых видов животных (поросята) на лабораторных животных (морские свинки) при контроле качества инактивированных вакцин против болезни Ауески (БА).
В последние годы лекарственные препараты и их метаболиты с широким спектром активности обнаруживаются
в возрастающих концентрациях, как в водных, так и в наземных экосистемах. Их наличие в почвах даже в малых
количествах может привести к неблагоприятным экологическим последствиям. Продукты трансформации лекарственных препаратов способны сохранять биологическую
активность в объектах окружающей среды. Комбинированные биотехнологические стратегии детоксикации
почв являются наиболее перспективными благодаря эффективному удалению устойчивых к разложению загрязнителей.
Каждый ветеринарный препарат проходит долгий путь перед тем, как владелец собаки или кошки купит его для своего питомца. Как разрабатывают, исследуют и вводят в оборот лекарства для наших четвероногих друзей, рассказали во Всероссийском государственном Центре качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов (ФГБУ «ВГНКИ» Россельхознадзора).
Поправки в закон об органической
продукции, которые ужесточают правила маркировки, должны были вступить в силу еще в 2024 году. Однако
законодатели решили дать производителям больше времени на подготовку к новым правилам. В итоге эти
поправки начнут действовать с 1 сентября 2025 года.
С этого момента только сертифицированные производители органической продукции смогут использовать
на упаковке слова «биодинамический», «биологический», «экологический», «экологически чистый», «зеленый» или сходные по значению слова,
их сокращения, а также
обозначения
«эко», «био» .
«Сегодня многие производители
могут называть свой товар, например,
экологичным, ничем не подкрепляя
свои заявления, чтобы поднять ценность своего продукта в глазах покупателя. Могут сами придумывать
знаки, внешне похожие на знаки экомаркировки, не проходя процедуру
сертификации»,– прокомментировали
«ВиЖ» в ФГБУ «ВГНКИ». Для того чтобы
покупателей не вводить в заблуждение и отделить сертифицированную
органическую продукцию от той, которая такую сертификацию не прошла, и были инициированы поправки
в федеральный закон об органической
продукции.
Отметим, что новые требования
не распространяются на продукцию,
техрегламенты изготовления которой
допускают использование слова «био»
в названии, а также в случаях, когда
слово «зеленый» используется для обозначения цвета товара или степени созревания. Также словосочетание «зеленый эталон» может использоваться для
маркировки сельскохозяйственной
продукции, сельскохозяйственного сырья с улучшенными характеристиками.
В остальных случаях производитель
будет обязан пройти сертификацию
и доказать, что выпускает органическую продукцию, только после этого он сможет наносить вышеперечисленные слова на упаковку.
Эксперты ФГБУ «ВГНКИ» напомнили, что за нарушение правил маркировки грозят штрафы до 100 тыс. руб
лей (ст. 15.12 КоАП РФ).
С марта следующего года в России
начнется рецептурный отпуск ряда
ветпрепаратов, эти требования регулируются приказом Минсельхоза
№ 776. В документе прописан порядок
назначения ветпрепаратов, перечень
лекарств, которые отпускаются по рецепту. «Необходимость рецептурного
отпуска антибактериальных препаратов обусловлена реализацией «Стратегии предупреждения распространения антимикробной резистентности
в Российской Федерации на период
до 2030 года», – прокомментировала «ВиЖ» Полина Лобова, заместитель
заведующего отделом экспертизы
лекарственных средств Всероссийского государственного Центра качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов
(ФГБУ «ВГНКИ» Россельхознадзора).
Гостем студии издания «Агроэксперт» стал Алексей Третьяков, заместитель директора Всероссийского государственного Центра качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов (ФГБУ «ВГНКИ» Россельхознадзора).
За последнее десятилетие использование методов
высокопроизводительного секвенирования значительно возросло. Данные технологии в
настоящее время применяются не только в клинической, но и в прикладной и промышленной
микробиологии. Полногеномное секвенирование микроорганизмов, в том числе и
промышленных штаммов-продуцентов, вакцинных штаммов, различных референтных
штаммов для методик контроля позволяет не только проводить идентификацию и
эпидемиологическое отслеживание бактерий, но также изучать особенности геномов,
механизмы регуляции экспрессии генов, дать полный профиль присутствующих генов
(например, гены «домашнего хозяйства», факторы вирулентности, гены
антибиотикорезистентности и др.). Кроме того, можно установить локализацию генов на
мобильных элементах, структуру генных кассет. Сочетание классических
микробиологических методов с молекулярно-генетическими позволяет не только получить
наиболее полную информацию о различных свойствах бактерий, но и подтвердить ряд
фенотипических свойств изолятов.
