Система MALDI Biotyper Microflex — экспресс-метод быстрой и надежной видовой идентификации микроорганизмов, базирующийся на применении времяпролетного масс-спектрометра, интегрированного с обширной базой данных микроорганизмов [1]. В основе технологии прямого бактериального профилирования с помощью времяпролётного масс-спектрометра лежит получение с достаточным разрешением и точностью, воспроизводимой в стандартных условиях карты (профиля) белковых масс, которая является специфичной характеристикой для данного микроба по типу «отпечатков пальцев» [2]. 18 Цель работы — изучить с помощью «тепловых» карт MALDI-tof-Ms близкородственные свойства изолятов, выделенных на птицефабриках в Российской Федерации. 

Материалы и методы Материалом служили изоляты микроорганизмов, выделенные с различных зон на предприятиях птицеперерабатывающей промышленности. В работе использовали классические микробиологические методы и метод прямого нанесения времяпролётной масс-спектрометрии MALDI-tof-Ms. Перед исследованием отбирали единичные колонии. Нанесение колоний на мишень осуществляли с помощью одноразовой пластиковой петли диаметром 5 мм тонким слоем. В связи с высокой чувствительностью данного метода для прямого нанесения не требовалось большого количества испытуемого образца, для идентификации микроорганизмов весьма приемлемым было использование бактериальной массы одной изолированной колонии. Использовали одноразовые бактериологические петли с целью исключения перекрёстной контаминации сопутствующей микрофлорой. После нанесения бактериальной массы ждали, пока образец на мишени окончательно высохнет, после чего в течение 10 мин в каждую ячейку с образцом наносили по 1 мкл масс-спектрометрической матрицы НССА (a-циано4-гидроксикоричная кислота, 99%), стараясь предотвратить перекрёстную контаминацию между образцами соседних ячеек, учитывая достаточно жидкое состояние матрицы. Затем подсушивали образцы с матрицей при комнатной температуре. В ячейку А11 вносили калибрант. После помещения MALDI-мишени, используя программу Flex Control (получение спектров) осуществляли запуск 19 оборудования и проводили идентификацию микроорганизмов. Для того чтобы сократить время идентификации анализируемых образцов, использовали автоматический режим. В программу компьютера вносили наименование исследуемых образцов и сопоставляли заданные варианты с полученными результатами. Каждая строка таблицы соответствовала одному анализируемому образцу. В каждой строке отображали № аналита, его ID, название микроорганизма и Score value (достоверность полученных результатов). Поля достоверности идентификации окрашены в соответствующие цвета: зелёный (+++) — высокая вероятность идентификации вида, зелёный (++) — гарантированная идентификация рода, жёлтый (+) — возможная идентификация рода, красный (–) — отсутствие надёжной идентификации. Полученные результаты были проанализированы с помощью программного обеспечения по величине логарифмического роста: в случае если значение ниже 1,7 — микроорганизм не идентифицирован, от 1,7 до 2,0 — идентификация до рода, больше 2,0 — наиболее достоверные результаты, следовательно, микроорганизм идентифицирован. Результаты и обсуждение Для каждого микроорганизма MALDI Biotyper формирует персональное распределение масс и интенсивностей белковых молекул. Поскольку полученный масс-спектр служит видоспецифичным для основной массы микроорганизмов, то его также называют «молекулярным отпечатком пальцев» [3]. С тысячами MSP в базе данных путем сравнения «молекулярного отпечатка» были проидентифицированы неизвестные микроорганизмы [4]. Уровень степени совпадения спектра неизвестного микроорганизма 20 со спектром из базы расценивали в значении коэффициента совпадения, который рассчитывался автоматически в ходе сопоставления [5]. Более конкретную идентификацию близкородственных микроорганизмов допускает сделать процесс генерирования подтипов MSP [6].