История аспирантуры Федерального центра охраны здоровья животных началась в 1961 году. Тогда учреждение называлось Всесоюзный научно-исследовательский ящурный институт. Приказом Министерства образования СССР от 1 апреля 1961 г. в институте учреждена аспирантура для подготовки научных работников. В сентябре 1962 г. в институт поступило письмо от заместителя начальника Управления научно-исследовательских учреждений Е. Меркулова с «Положением об аспирантуре при высших учебных заведениях и научно-исследовательских учреждениях», а затем приказ Министерства образования СССР от 5 февраля 1963 г. № 50 «О единых формах документов по подготовке научных и научно-педагогических кадров», и уже в апреле 1964 года институту был установлен план приёма в аспирантуру с отрывом от производства – 3 человека.

Всего с 1963 года аспирантскую подготовку прошли более 600 человек. Сегодня в аспирантуре ВНИИЗЖ готовят научных сотрудников по специальностям: «вирусология», «инфекционные болезни и иммунология животных». Особое внимание уделяется практике.

Сейчас в аспирантуре ФГБУ «ВНИИЗЖ» обучаются 34 человека. После защиты молодые ученые продолжат исследовательскую работу по выбранному направлению.