На базе подведомственного Россельхознадзору ФГБУ «Центр оценки качества зерна» 10 марта 2011 года был создан Центральный орган по сертификации в системе добровольной сертификации семян сельскохозяйственных растений «СемСтандарт».
С начала 2021 года в системе «СемСтандарт» уполномочены в качестве органов по сертификации на новый срок пять учреждений, подведомственных Службе (ФГБУ «Северо-Кавказская МВЛ», ФГБУ «Краснодарская МВЛ», ФГБУ «Оренбургский референтный центр Россельхознадзора», ФГБУ «Башкирский референтный центр Россельхознадзора», ФГБУ "Белгородская МВЛ"). Статус органа по сертификации дает право учреждениям проводить работы по подтверждению соответствия семян требованиям национальных стандартов. Перечисленные учреждения уже 10 лет работают в качестве органов по сертификации системы «СемСтандарт».
