С участием представителей Россельхознадзора подготовлены решения Комиссии Таможенного союза определяющие единые типовые требования к оборудованию и материально-техническому оснащению зданий, помещений и сооружений, необходимых для организации контроля, в том числе и карантинного фитосанитарного в пунктах пропуска через внешнюю границу государств-членов  Таможенного союза, а также единые для Таможенного союза формы штампов и акта карантинного фитосанитарного контроля.

В 2011 году отменено требование при ввозе на территорию стран-членов Таможенного Союза получения импортного карантинного разрешения. С 1 июля 2011 согласованные виды контроля  перенесены с российко-казахстанского участка границы на внешнюю границу Таможенного союза. С 1 августа 2011 года отменено требования сопровождения ввезенной на территорию Российской Федерации импортной продукции карантинным сертификатом при ее перемещении по территории России, но введено требование о сопровождении карантинным сертификатом произведенной на территории России подкарантинной продукции при ее перемещении по территории России. С 1 июля 2011 года таможенным органам России в пунктах пропуска через государственную границу, а также на российском участке границы Таможенного союза, переданы полномочия по осуществлению государственного карантинного фитосанитарного контроля в части проведения проверки документов на подкарантинную продукцию. Утверждены Правила осуществления государственного карантинного фитосанитарного контроля в пунктах пропуска через государственную границу России. Для создания механизма реализации этого постановления  издан совместный приказ «Об утверждении Порядка информационного взаимодействия Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору и Федеральной таможенной службы при осуществлении государственного карантинного фитосанитарного контроля в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации».