В соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации от 30 июня 2004 года № 327 «Об утверждении Положения о Федеральной службе по ветеринарному и фитосанитарному надзору» Россельхознадзор осуществляет функции по контролю и надзору в сфере безопасного обращения с пестицидами и агрохимикатами.

Эта функция исполняется в отношении юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, осуществляющих деятельность по производству, хранению, транспортировке, реализации, применению, ввозу в Российскую федерацию пестицидов и агрохимикатов, обезвреживанию, утилизации, уничтожению, захоронению пришедших в негодность или запрещенных к применению пестицидов и агрохимикатов.

В этих целях в 2010 году осуществлено 26,4 тысяч проверок соблюдения юридическими, физическими и должностными лицами законодательства Российской Федерации в области безопасного обращения с пестицидами и агрохимикатами. Всего выявлено 11 тысяч нарушений, из них устранено 7,5 тысяч. Общая сумма наложенных административных наказаний (штрафов) по статьям 8.3; 19.5; 20.25 КоАП РФ составила 24,5 миллионов рублей. Взыскано штрафов на сумму 22,8 млн. рублей.

Россельхознадзор неоднократно обращался в Минсельхоз России с предложениями о наделении Россельхознадзора полномочиями пресекать оборот партий фальсифицированных и контрафактных пестицидов и агрохимикатов по их внешним признакам, а также иным признакам (тарная этикетка, упаковка, шрифт) или физико-химическим свойствам препарата, а также увеличить размеры штрафных санкций, предусмотренных статьей 8.3 КоАП РФ.