К ведению органов государственной власти Российской Федерации отнести следующие полномочия:
реализация государственной политики в сфере обеспечения эпизоотического и ветеринарно-санитарного благополучия в Российской Федерации;
федеральное законодательство Российской Федерации и нормативное правовое регулирование в сфере применения ветеринарно-санитарных мер;
    установление и отмена карантина и других ограничений, направленных на предотвращение распространения и очагов заразных и массовых незаразных болезней животных на территориях двух и более субъектов Российской Федерации;
разработка технических регламентов в сфере применения ветеринарно-санитарных мер, в том числе разработка и утверждение ветеринарно-санитарных требований и норм безвредности кормов и кормовых добавок;
организация и реализация на территории Российской Федерации федеральных целевых программ по проведению противоэпизоотических и ветеринарно-санитарных мероприятий;
охрана территории Российской Федерации от заноса заразных болезней животных из иностранных государств;
сотрудничество с международными организациями и иностранными государствами по вопросам  применения ветеринарно-санитарных мер;
регистрация лекарственных средств, кормов и кормовых добавок для животных, в том числе полученных из генно-инженерно-модифицированных организмов;
обеспечение лекарственными средствами и необходимым оборудованием противоэпизоотических мероприятий против карантинных и особо опасных болезней животных;
координация и контроль деятельности ветеринарно-санитарных служб федеральных органов исполнительной власти в области обороны, в сфере внутренних дел, в сфере исполнения уголовных наказаний, в сфере государственной охраны осуществляющих функции в сфере применения ветеринарно-санитарных мер;
осуществление федерального государственного ветеринарного надзора при экспортно-импортных поставках животных и подконтрольной ветеринарной службе продукции в пунктах пересечения государственной границы, в местах таможенного оформления;
организация и проведение оценки состояния здоровья животных и безопасности подконтрольной ветеринарной службе продукции, поступающих в Российскую Федерацию из иностранных государств на государственной границе в местах таможенного оформления;
организация проведения ветеринарно-санитарной экспертизы, продукции животного происхождения, кормов и кормовых добавок в  пунктах пересечения государственной границы, в местах таможенного оформления;
оформление ветеринарных сертификатов на животных и подконтрольную ветеринарной службе продукцию, вывозимые за пределы Российской Федерации;
проведение мониторинга состояния здоровья животных, эпизоотического и ветеринарно-санитарного состояния территории Российской Федерации и территорий и объектов иностранных государств из которых планируется ввоз животных и подконтрольной ветеринарной службе, продукции на территорию Российской Федерации;
регистрация объектов государственного ветеринарного надзора федерального значения и ведение реестра зарегистрированных объектов;
организация и проведение государственной аккредитации специалистов федеральных органов исполнительной власти, выдающих заключения о состоянии здоровья животных, безопасности продукции, подконтрольной ветеринарной службе и осуществляющих государственный ветеринарный надзор;
организация и проведение аттестации рабочих мест специалистов федеральных органов исполнительной власти;
ведение реестра специалистов федеральных органов исполнительной власти Российской Федерации, аккредитованных на право выдачи заключений о состоянии здоровья животных, безопасности продукции, подконтрольной ветеринарной службе и осуществляющих государственный ветеринарный надзор на объектах федерального значения;
аккредитация органов по ветеринарно-санитарной сертификации продуктов животного происхождения, кормов, кормовых добавок и лекарственных средств для животных;
оценка соответствия ветеринарных служб федеральных органов исполнительной власти требованиям законодательства Российской Федерации и международным требования и нормам;
осуществление иных полномочий в соответствии с федеральным законодательством.

К ведению органов государственной власти субъектов Российской Федерации отнести следующие полномочия:
организация и проведение на территории субъекта Российской Федерации мероприятий по обеспечению эпизоотического и ветеринарно-санитарного благополучия субъекта Российской Федерации;
принятие законов и иных нормативных правовых актов субъектов Российской Федерации в сфере применения ветеринарно-санитарных мер;
участие в реализации федеральных целевых программ по проведению противоэпизоотических и ветеринарно-санитарных мероприятий;
    установление и отмена карантина и других ограничений, направленных на предотвращение распространения и очагов заразных и массовых незаразных болезней животных на территориях субъекта Российской Федерации;
создание и обеспечение деятельности уполномоченного органа исполнительной власти в области ветеринарии и системы подведомственных ему учреждений;
организация, контроль и координация деятельности учреждений, подведомственных исполнительному органу государственной власти субъекта Российской Федерации, осуществляющего функции в сфере применения ветеринарно-санитарных мер;
организация и осуществление регионального государственного ветеринарного надзора за соблюдением юридическими лицами, индивидуальными предпринимателями и гражданами требований нормативных правовых актов при содержании животных и обращении продукции, подконтрольной ветеринарной службе, на территории субъекта Российской Федерации, за исключением надзора на объектах федерального значения (на государственной границе, в местах таможенного оформления);
внесение представлений в органы местного самоуправления и государственной власти по установлению и отмене карантина и других ограничений, направленных на предотвращение распространения очагов заразных и массовых незаразных болезней животных на территории субъекта Российской Федерации;
выявление и установление причин и условий возникновения и распространения заразных и массовых незаразных болезней животных на территории субъекта Российской Федерации;
организация проведения на территории субъекта Российской Федерации ветеринарно-санитарных мероприятий по защите населения от болезней, общих для человека и животных, и пищевых отравлений;
организация и проведение оценки состояния здоровья животных и безопасности подконтрольной ветеринарной службе продукции, ввозимых на территорию субъекта Российской Федерации, и вывозимых за ее пределы;
проведение мониторинга состояния здоровья животных, эпизоотического и ветеринарно-санитарного состояния территории субъекта Российской Федерации;
ведение на территории субъекта Российской Федерации мониторинга безопасности подконтрольной ветеринарной службе продукции;
выдача заключений об эпизоотическом и ветеринарно-санитарном состоянии территорий и объектов, безопасности продукции, подконтрольной ветеринарной службе;
выдача разрешений на вывоз за пределы территории субъекта Российской Федерации животных, продукции животного происхождения, кормов и кормовых добавок для животных;
выдача ветеринарных сопроводительных документов на подконтрольные госветнадзору грузы в пределах Российской Федерации;
организация и проведение аттестации специалистов и их рабочих мест, выдающих заключения о состоянии здоровья животных, безопасности продукции, подконтрольной ветеринарной службе и осуществляющих государственный ветеринарный надзор на территории субъекта Российской Федерации, за исключением специалистов федеральных органов исполнительной власти;
регистрация специалистов в области ветеринарии, осуществляющих предпринимательскую деятельность на территории субъекта Российской Федерации;
осуществление контроля за профессиональной деятельностью должностных лиц государственной ветеринарной службы субъекта Российской Федерации и специалистов, занимающихся предпринимательской деятельностью в области ветеринарии;
утверждение административных регламентов оказания государственных ветеринарных услуг на территории субъекта Российской Федерации;
организация и проведение диагностического, профилактического и лечебного обслуживания животных;
проведение ветеринарно-санитарной экспертизы продукции животного и растительного происхождения, кормов и кормовых добавок на территории субъекта Российской Федерации;
регистрация объектов государственного ветеринарного надзора регионального значения и ведение реестра зарегистрированных объектов;
ведение реестров ветеринарных специалистов субъекта Российской Федерации;
организация подготовки, переподготовки и повышения квалификации специалистов в области ветеринарии, организация научных исследований по проблемам ветеринарии;
методическое обеспечение деятельности учреждений, подведомственных исполнительному органу государственной власти субъекта Российской Федерации, осуществляющего функции в сфере применения ветеринарно-санитарных мер, и специалистов, занимающихся предпринимательской деятельностью в области ветеринарии;
осуществление контроля за оборотом лекарственных средств для животных;
согласование по отведению земельных участков и проектной документации под строительство и реконструкцию животноводческих объектов, предприятий по хранению и переработке продукции животного происхождения, продовольственных и сельскохозяйственных рынков, мест торговли животными, мест по утилизации биологических отходов.

К ведению органов местного самоуправления отнести следующие полномочия:
создание и обеспечение работы чрезвычайных противоэпизоотических комиссий;
введение карантинных и иных ограничений, направленных на предотвращение возникновения, распространения и ликвидацию очагов заразных и массовых незаразных болезней животных на территории муниципального образования;
обеспечение осуществления предусмотренных ветеринарным законодательством Российской Федерации специальных мероприятий по ликвидации очагов особо опасных и массовых незаразных болезней животных;
организация мероприятий с участием правоохранительных органов по пресечению торговли животными и пищевыми продуктами в неустановленных местах;
принятие правовых актов, регулирующих отношения в сфере содержания сельскохозяйственных и домашних животных;
определение порядка учета сельскохозяйственных животных и собак и организация проведения этих работ;
отведение сенокосных и пастбищных угодий с учетом ветеринарно-санитарных требований;
установление правил выгула собак и контроль их соблюдения;
установление порядка отлова безнадзорных собак и кошек;
оборудование площадок для выгула собак;
определение и содержание мест захоронения, утилизации останков животных;
отведение земельных участков для продовольственных, сельскохозяйственных  рынков и мест торговли животными;
доведение до сведения владельцев животных информации о правилах их содержания, о проведении вакцинации и иных ветеринарных мероприятиях на территории муниципального образования;
осуществление иных полномочий в сфере обеспечения эпизоотического и ветеринарно-санитарного благополучия при производстве и обороте пищевых продуктов, содержании сельскохозяйственных и домашних животных в соответствии с законодательством Российской Федерации.

Разграничение полномочий внутри единой системы исполнительной власти Российской Федерации в сфере применения ветеринарно-санитарных мер позволит исключить дублирование функций федеральных органов исполнительной власти,  органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации и органов местного самоуправления.
Это будет реализовано только в том случае, если будут разграничены территории и объекты, на которых могут проводить мероприятия федеральные органы исполнительной власти, органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации или органы местного самоуправления.
Международные, общероссийские и межрегиональные мероприятия должны организовывать и проводить федеральные органы исполнительной власти, органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации должны проводить работу и нести ответственность за ее результаты в пределах своего региона, а муниципальные органы исполнительной власти должны организовывать и проводить мероприятия в рамках своей компетенции в пределах муниципального образования.
При этом федеральные органы исполнительной власти в случаях возникновения очагов особо опасных болезней животных, заболевании и отравлении людей через продукты животного происхождения должны оказывать необходимую помощь региональным органам власти, а региональные, соответственно – муниципальным.
            Обеспечение эпизоотического благополучия территории субъекта Российской Федерации – прерогатива ветеринарной службы субъектов Российской Федерации т. к. это постоянная ежедневная работа, связанная с профилактическими, диагностическими и лечебными мероприятиями, а также с мониторингом, анализом ситуаций и своевременным принятием соответствующих мер по защите населения от болезней, общих для человека и животных, и пищевых отравлений.  
            Для поддержания ветеринарно-санитарного благополучия необходимо также участие органов местного самоуправления, которые предлагается наделить перечисленными полномочиями.

К ведению федеральных органов государственной власти Российской Федерации отнести осуществление федерального государственного ветеринарного надзора:
при возникновении очагов особо опасных болезней животных на территории нескольких субъектов;
при экспортно-импортных поставках животных и подконтрольной ветеринарной службе продукции на государственной границе, в местах таможенного оформления;
на биологических комбинатах и фабриках, научно-исследовательских и опытно-производственных цехах, предприятиях биологической промышленности и предприятиях по производству лекарственных средств для животных, базах и предприятиях биологического снабжения и других предприятиях по производству, хранению и оптовой реализации биологических препаратов ветеринарного назначения;
на железнодорожных и автомобильных вокзалах, станциях, морских и речных портах, аэропортах и аэродромах, иных специально оборудованных местах для пропуска через государственную границу лиц, транспортных средств, животных и продуктов животноводства;
на основных железнодорожных, автомобильных и речных внутригосударственных направлениях перевозки животных и подконтрольной ветеринарной службе продукции и маршрутах (трассах) перегона животных;
на предприятиях государственного резерва;
за порядком приобретения, депонирования и использования в научно - исследовательских целях штаммов микроорганизмов и их генетически измененных форм;
при ввозе и вывозе из Российской Федерации возбудителей инфекционных болезней животных, вакцинных штаммов и диагностикумов, содержащих живые микроорганизмы;
на военно-морских базах и военных аэродромах, других пунктах приема (пропуска через государственную границу) возвращающихся из-за рубежа военных транспортных средств, армейских (флотских) продовольственных базах и складах, предприятиях военной торговли, подсобных хозяйствах воинских частей и военно-охотничьих хозяйствах;
на объектах по содержанию животных, производству и обороту продукции, подконтрольной ветеринарной службе, подведомственных федеральным органам исполнительной власти в области обороны, внутренних дел, исполнения уголовных наказаний, государственной охраны, обеспечения безопасности Российской Федерации.

К ведению органов государственной власти субъектов Российской Федерации отнести осуществление регионального государственного ветеринарного надзора:
при возникновении очагов особо опасных, карантинных болезней, массовых незаразных болезней на территории субъекта;
при содержании и разведении животных;
при заготовке, хранении и производстве кормов и кормовых добавок;
при производстве и хранении продовольственного сырья и пищевых продуктов в хозяйствах, занятых содержанием и разведением животных;
на боенских организациях (убойных пунктах);
при переработке и хранении мяса и других продуктов убоя животных;
при производстве и переработке молока;
в рыбодобывающих организациях, судах по ловле (добыче) водных животных;
в рыбоперерабатывающих организациях;
при переработке продукции пчеловодства;
в организациях оптовой торговли;
при поставках, содержании и реализации животных организациями розничной торговли (зоомагазинах);
при поставках, хранении и реализации кормов и кормовых добавок в организациях оптовой и розничной торговли;
на продовольственных рынках, ярмарках, выставках и организациях оптовой торговли;
при транспортировке животных и грузов, подконтрольных ветеринарной службе;
при массовой гибели животных, сборе и утилизации биологических отходов;
при хранении, реализации и применении на животноводческих предприятиях и в ветеринарных лечебницах лекарственных средств для животных.

К ведению органов местного самоуправления отнести осуществление муниципального контроля в целях поддержания эпизоотического и ветеринарно-санитарного благополучия на территории муниципального образования:
 организация рейдов с участием правоохранительных органов по пресечению торговли животными и пищевыми продуктами в неустановленных местах;
контроль за проведением сбора и утилизации биологических отходов;
контроль соблюдения правил содержания и использования сельскохозяйственных животных (птицы) и выгула собак.

Настоящие предложения по разграничению полномочий в сфере осуществления государственного ветеринарного надзора сформулировано в соответствии с положениями Федерального закона от 26.12.2008 №294-ФЗ «О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора) и муниципального контроля», которыми предусмотрено осуществление федерального государственного надзора, регионального государственного надзора и муниципального контроля.
Предлагаемое разграничение полномочий позволит выполнять требования Концепции административной реформы в Российской Федерации в 2006-2010 годах, утвержденной распоряжением Правительства Российской Федерации от 25 октября 2005 г. №1789-р, которой предусмотрен запрет на проведение государственного контроля и надзора в отношении одного объекта одновременно органами государственного контроля и надзора разных уровней власти в целях недопущения осуществления аналогичных по содержанию мер.
Указанная концепция указывает на необходимость разграничения предметов ведения и полномочий в сфере контроля и надзора федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации и органов местного самоуправления в рамках административной реформы.
Предлагаемое разграничение полномочий позволит повысить эффективность мер и ответственность должностных лиц при осуществлении контроля (надзора), а также защитить права и законные интересы предпринимателей при осуществлении надзора за счет исключения дублирования функций контролирующих органов.