Советом Евразийской экономической комиссии внесены дополнения в Положение о едином порядке осуществления ветеринарного контроля (надзора) на таможенной границе Союза и на таможенной территории Союза. Они предусматривают норму об использовании уполномоченными органами стран ЕАЭС ветеринарных сертификатов, оформленных в электронном виде. Россельхознадзор инициировал данные изменения ещё в 2016 году и приветствует их утверждение со стороны наднационального регулирующего органа.
В сентябре 2021 года мониторинговой группой Северо-Западного межрегионального управления Россельхознадзора в ходе анализа данных, внесенных во ФГИС «Меркурий», были выявлены нарушения при производстве и реализации мясной продукции, производимой ООО «Равелинк». Предприятие было зарегистрировано в Севастополе, но в системе «Цербер» в качестве фактического места ведения деятельности были указаны площадки, расположенные в деревне Береза Порховского района и деревне Дубницы Струго-Красненского района Псковской области.
Управлением Россельхознадзора по Орловской и Курской областям в сентябре 2021 года в ходе мониторинга ФГИС «Меркурий» выявлено 101 нарушение, допущенное 98 уполномоченными лицами организаций и 3 ветеринарными специалистами государственных учреждений ветеринарии.
24 сентября Управлением Россельхознадзора по Кировской области, Удмуртской Республике и Пермскому краю в ходе мониторинга ФГИС «Меркурий» были выявлены четыре фантомные площадки, принадлежащие ИП Зеленская Г.М., ИП Зайцев А.А., ИП Казьмина Т.А., осуществляющие розничную торговлю продуктами питания (магазины, склад) в Якшур-Бодьинском и Малопургинском районах Удмуртии.
Управлением Россельхознадзора по Забайкальскому краю в ходе мониторинга ФГИС «Меркурий» в сентябре 2021 года выявлены две фантомные площадки, принадлежащие ИП Васильеву А.В. и ИП Мизиновой Е.Г., осуществляющих деятельность по продаже продуктов питания в розничной сети (магазины) в Могочинском и Читинском районах Забайкальского края.
Федеральной службой по ветеринарному и фитосанитарному надзору проводится регулярный мониторинг компонентов ФГИС «ВетИС». Особое внимание было уделено анализу оформленных эВСД в компоненте «Меркурий» ФГИС «ВетИС» и лабораторий, результаты исследований которых послужили основанием для оформления этих эВСД на подконтрольные товары.