Нормальная микрофлора представляет собой качественное и количественное соотношение разнообразных популяций микробов отдельных органов и систем, поддерживающее биохимическое, метаболическое и иммунологическое равновесие, необходимое для сохранения здоровья животных [1]. В последние годы роль кишечной микробиоты в развитии болезней была установлена у различных видов, включая людей, собак, cвиней, крупный рогатый скот, птиц и пушных зверей [2, 3, 4, 5, 6, 7, 8]. Желудочно-кишечный отдел кур густо заселен сложными микробными сообществами (бактерии, грибы, археи, простейшие и вирусы), в которых доминируют бактерии [9, 10]. Исторически сложилось так, что для идентификации и характеристики микробного разнообразия кишечника птиц использовали методы селективного культивирования. Новизна данной работы состоит в  использовании секвенирования генов бактериальной 16S-рибосомальной РНК  (рРНК) для определения разнообразия микробиоты желудочно-кишечного тракта птицы до и после медикаментозной нагрузки антибиотиком. Современные высокопроизводительные подходы к секвенированию позволяют быстро получить полную информацию о микробных сообществах и являются мощным инструментом, который привел к новому пониманию биологической и экологической роли микробиоты желудочно-кишечного тракта [11, 12, 13, 14]. Использование антибиотиков в  ветеринарии может способствовать развитию устойчивости бактерий к антимикробным средствам [15]. Согласно критериям, предложенным Всемирной организацией здравоохранения животных (ВОЗЖ), противомикробные препараты классифицируют по трем категориям: ветеринарные критически важные противомикробные препараты (Veterinary Critically Important Antimicrobial Agents, VCIA), ветеринарные особо важные противомикробные препараты (Veterinary Highly Important Antimicrobial Agents, VHIA) и ветеринарные важные противомикробные препараты (Veterinary Important Antimicrobial Agents, VIA). Однако конкретный антимикробный препарат/класс можно считать критически важным для лечения определенной болезни. Для ряда противомикробных средств не существует или существует мало альтернатив для лечения конкретной болезни. Фторхинолоны часто применяют в ветеринарной практике с целью лечения инфекционных болезней животных. Также они внесены в перечень противомикробных препаратов ВОЗЖ как критически важные для здоровья человека и животных [16]. Изучение влияния данной группы антимикробных средств на здоровый организм, то есть нормальный микробиом, является актуальным. Цель работы  – исследование биоразнообразия микробиома кишечника птицы до и после медикаментозной нагрузки антибиотиком с помощью секвенирования гена 16S рРНК.