В начале декабре 2019 года в городе Жамблу (Бельгия) завершился научный семинар, посвященный обработке и анализу данных результатов массового параллельного секвенирования (NGS). Международный форум был организован сотрудниками факультета Агробиологии Льежского Университета.

Ученые подведомственного Россельхознадзору Всероссийского центра карантина растений (ФГБУ «ВНИИКР») приняли участие в семинаре.

Основной целью визита российских специалистов стало обучение анализу данных, полученных в результате высокопроизводительного секвенирования РНК вирусов, инфицирующих сельскохозяйственные растения.

В процессе обучения сотрудники ознакомились с работами европейских коллег по изучению вирусов растений, в том числе вирусов, поражающих картофель, рис, пшеницу, ячмень, бананы.

Были проанализированы современные виды РНК-секвенирования. Определены возможности каждого вида секвенирования и применимости для изучения и идентификации вирусов.

В ходе стажировки сотрудниками были освоены программы Geneious Prime и Virus Detected Windows. Программа Geneious Prime позволяет проводить полный цикл анализа данных, сгенерированных прибором Illumina MiSeq, установленным в Научно-методическом и экспериментальном центре ФГБУ «ВНИИКР».

Собранные последовательности можно выровнять относительно аннотированных в генбанке NCBI с помощью программы Geneious и сделать выводы о принадлежности к конкретному штамму вируса. По результатам анализа полиморфизма вновь полученных последовательностей в данной программе возможна разработка праймерных систем как для классической ПЦР, так и создание зондов для ПЦР в «реальном времени».

Требования к проведению исследований с максимально точными и достоверными результатами, работа на современном и высокоточном оборудовании – все это ежедневная практика в работе специалистов научно-методического и практического центра Службы в области карантина растений, а должный профессиональный кадровый уровень и использование передовых методов диагностики – необходимое условие для обеспечения фитосанитарного благополучия территории Российской Федерации и роста ее экспортного потенциала.