В феврале 2016 года специалисты Управления Россельхонадзора по Тюменской области, ЯНАО и ХМАО выявили факт уничтожения АО «ТОДЭП» плодородного слоя почвы на землях сельскохозяйственного назначения площадью 1550 м² в Ярковском районе, Тюменской области. За совершение административного правонарушения, предусмотренного ч. 2 ст. 8.6 КоАП РФ, общество было привлечено к административной ответственности в виде штрафа в размере 40 тысяч рублей. Кроме того, обществу была направлена претензия о возмещении вреда, причиненного почве как объекту охраны окружающей среды на сумму 1 миллион 240 тысяч рублей.

В сентябре 2016 года руководство АО «ТОДЭП» в добровольном порядке перечислило денежные средства по возмещению вреда.