В рамках государственной стратегии борьбы с коррупцией, Россельхознадзор принял план антикоррупционных мероприятий на 2009 год. План направлен на защиту прав участников рынка поднадзорной Россельхознадзору продукции, ее производителей и потребителей, на защиту интересов государства и общественных интересов. План предусматривает создание условий для предупреждения, выявления и пресечения коррупционных правонарушений, устранения их последствий и наказания виновных. Важными элементами плана являются мероприятия по повышению уровня открытости деятельности как Россельхознадзора в целом, так и отдельных его управлений, снижение административных барьеров, повышение эффективности внутреннего контроля служебной деятельности сотрудников Службы.