Приказом Россельхознадзора на ФГБУ «Сахалинская МВЛ» возложено обеспечение деятельности в качестве испытательного и сравнительного центра Россельхознадзора в области ветеринарии, семеноводства и селекционных достижений карантина и защиты растений, агрохимии, плодородия почв, качества и безопасности зерна, крупы, комбикормов и компонентов для их производства, а также побочных продуктов переработки зерна, охраны, воспроизводства, использования объектов животного мира, отнесенных к объектам охоты, водных биологических ресурсов и среды их обитания.

Учреждение имеет лицензию на осуществление деятельности, связанную с использованием возбудителей инфекционных заболеваний III-IV групп патогенности. На базе учреждения работает аккредитованная Испытательная лаборатория, проводящая испытания на соответствие требованиям ГОСТ Р ИСО/МЭК 1725-2009 и международного стандарта ИСО/МЭК 17025:2005, и аккредитованный Орган по сертификации продукции и услуг.

Отдел карантина растений, который начал свою деятельность с начала июля 2006 года, проводит установление фитосанитарного состояния подкарантинной продукции — наличие карантинных вредителей и болезней. Проводят осмотр и очистку судов от всех представителей семейства Lymantridae, которые следуют из портов Сахалинской области (Корсаков, Холмск, п. Пригородное) в зарубежные страны согласно требованиям этих стран. За 2014 год в отдел поступило 3337 образцов подкарантинный продукции, проведено 4544 исследования, выявлено 227 карантинных объектов.

В бактериологическом отделе осуществляются диагностические исследования по инфекционным заболеваниям животных, птиц, рыб, пчел, бактериологические исследования кормов животного, растительного происхождения, кормов для непродуктивных животных, мяса, субпродуктов убойного скота, комплекс санитарно-зоогигиенических исследований в хозяйствах южной зоны области. За 2014 год в отдел поступило 3066 проб, проведено 4815 исследований, по которых выявлено 84 положительных результата.

Диагностический отдел проводит патологоанатомические, гистологические, паразитологические и ПЦР исследования по диагностике болезней животных, в том числе птиц, пчел, серологические исследования на такие заболевания, как бруцеллез крупного и мелкого рогатого скота, листериоз, хламидиоз, лептоспироз, лейкоз, а также гематологические исследования на лейкоз крупного рогатого скота. Кроме того, в данном отделе проводятся исследования промысловых пресноводных (анадромных) и морской рыбы, моллюсков, ракообразных и продуктов их переработки на выявление личинок гельминтов. За 2014 год в отдел поступило 12464 пробы, проведено 20422 исследования, по которым выявлено 154 положительных результатов.

Отдел токсикологии, биохимии и микологии занимается исследованием патологического материала, крови, кормов, почвы и других объектов ветеринарного надзора на содержание токсинов, ядовитых и отравляющих веществ, нитратов и нитритов, тяжелых металлов, микроэлементов, пестицидов. Также в отделе проводятся исследования продукции животного происхождения на наличие антибиотиков, нитрофуранов, стимуляторов роста животных (в том числе гормональных препаратов) методом ИФА. За 2014 год в отдел поступило 4951 проб, проведено 19935 исследований, по которым получено 1704 положительных результата.

Радиологический отдел осуществляет определение радиоактивности по таким показателям как цезий-137, стронций — 90, свинец — 210 в продукции сельского хозяйства и другой пищевой продукции и сырья. За 2014 год в отдел поступило 4464 пробы, проведено 8771 исследования, положительных результатов не выявлено.

Отдел пищевой микробиологии осуществляет определение остаточных количеств антибиотиков в продуктах животноводства, проводит исследований на безопасность в ветеринарно-санитарном отношении как отечественной, так и импортной продукции, а именно мяса, мясопродуктов разных видов животных, птицы, рыбы и рыбопродуктов, нерыбных объектов промысла, молока и молочных продуктов, яиц и яичного порошка. Осуществляет контроль качества воды в животноводческих и рыбоводных хозяйствах, а также проводит испытание образцов пищевых продуктов, для целей сертификации и декларирования. За 2014 год в отдел поступило 4000 проб, проведено 20380 исследований, по которым выявлено 536 положительных результатов.

Отдел метрологии, мониторинга и управления системы менеджмента качества строго следит за своевремен­ным пополнением и актуализацией фонда нормативной документации, поверкой средств измерений, реализует политику совершенствования системы менеджмента качества и организации внутреннего лабораторного контроля.